Точная дата основания Покровского Хотькова монастыря не известна, впервые он упоминается в 1308 году. Первоначально это была обитель для старцев и стариц. В 1330-х годах здесь приняли монашеский постриг родители преподобного Сергия Радонежского преподобные Кирилл и Мария Радонежские. В 1337 году они мирно почили и были похоронены в Покровском храме. К святым мощам преподобных Кирилла и Марии притекает множество верующих, надеясь на их помощь и молитвенное предстательство пред Господом.
Долгое время монастырь был бедным. В 1506 году обители, где проживало всего 17 старцев и стариц, была дарована великокняжеская руга — ежегодное продовольственное содержание. Между 1506 и 1544 годами монастырь стал женским, и в 1544 году Иван Грозный передал его в управление Троице-Сергиевому монастырю. В 1580 году была построена деревянная Никольская церковь. В 1644—1648 годах на средства стольника Василия Янова Покровский храм был отстроен в камне, став первым каменным строением на территории монастыря.
В XVI—XVIII веках на территории монастыря проживало около 40 монахинь. В 1764 году Покровский монастырь был отписан от Троице-Сергиевой лавры и стал самостоятельным. В это время в нём проживали, помимо 41 монахини, 74 белицы. К концу XVIII века общее число обитателей монастыря достигло 280, а позже — 400. В начале XIX века при игумении Евпраксии монастырь достиг своего расцвета, началось масштабное строительство.
Монастырь долгое время был особножительным, то есть каждая монахиня имела свою келью и жила собственным хозяйством. С 1840 по 1871 год происходил постепенный переход к общежитию (проживанию в предоставленных монастырём кельях и содержанию за счёт монастыря). К 1913 году при монастыре находились школа на 60—70 учеников обоих полов (основана в 1884 году), иконописная мастерская (открыта в середине XIX века), больница на 10 мест и богадельня.
В 1922 году монастырь был закрыт, и только в 1989 году Русской Православной Церкви был передан Покровский собор, в 1992 году в обители возобновилась монашеская жизнь. Ныне при монастыре работают воскресная школа, 14 октября 2000 года открыт Православный детский пансион.
